Los fiordos son los lugares de desembocadura de agua dulce al mar, al igual que los estuarios, pero con la diferencia de que su origen geológico en vez de ser por la orogénesis de un río fue creado por la acción de glaciares. Por ello, mientras los estuarios y valles fluviales son de perfil transversal en V y la batimetría desde la desembocadura (cabeza) hacia el mar (boca) es constante y gradual, en los fiordos el perfil transversal es en forma en U y la batimetría longitudinal es caracterizada por la presencia de sills. Los sills son las antiguas morrenas del glaciar, donde la sedimentación en el frente del antiguo glaciar depositaba grandes cantidades de sedimentos, que al ir acumulándose con el paso del tiempo y tras el fin de la última glaciación y la consiguiente subida del nivel del mar, dieron lugar a que en los sills la batimetría del fiordo sea menor. Esta reducción de la batimetría provoca que el patrón general de circulación estuarina se vea alterado por estas constricciones a la circulación, provocando que las aguas profundas al interior del fiordo (entre el sill y la cabeza) tarden más tiempo en ser renovadas por aguas "nuevas" (del río por mezcla vertical o desde el mar por circulación profunda), lo que a su vez acentúa aún más los problemas de hipoxia/anoxia característicos de sistemas estuarinos. Es por ello que los fiordos son lugares particularmente sensibles y frágiles en su equilibrio natural frente a perturbaciones naturales y/o antropogénicas.

Si bien los fiordos son de origen glaciar, en la actualidad el agua dulce que ingresa puede ser tanto directamente del glaciar (si aún permanece remanente) o de ríos (de régimen pluvial o glaciar indistintamente).