La Patagonia chilena se extiende latitudinalmente desde el seno Reloncaví e islas Diego Ramírez por cerca de 1500 kilómetros, pero debido a lo intrincado de su orografía y relieve su línea de costa alcanza más de 100000 kilómetros!!! A lo largo y ancho de tan vasto sistema se dan gran variedad de características y particularidades locales de diversa índole. Sin embargo, desde el punto de vista oceanográfico la Patagonia, en general, es un sistema dominado (en mayor o menor grado) por la conocida como circulación estuarina y la presencia de masas de agua de origen fluvial/glaciar de baja salinidad.

La circulación estuarina es aquella que se da en estuarios (y fiordos), donde las aguas dulces de baja densidad procedentes de ríos (o glaciares) se sitúan por encima de las aguas oceánicas más saladas y pesadas, y debido al gradiente gravitacional (acumulación de agua) en la cabeza del estuario o fiordo (donde desemboca el río) las aguas dulces de baja densidad fluyen hacia la boca del estuario, mientras que las aguas oceánicas fluyen en sentido contrario hacia la cabeza para compensar el flujo superior.

Estas masas de agua de distintas propiedades dan lugar a gradientes horizontales y verticales de gran importancia en la dinámica física del sistema y, por tanto, también en el ecosistema.

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