La Patagonia chilena se extiende latitudinalmente desde el seno Reloncaví e islas Diego Ramírez por cerca de 1500 kilómetros en línea recta, pero que debido a lo intrincado de su orografía y relieve su línea de costa alcanza más de 100000 kilómetros!!! Está constituida por fiordos, canales, senos y golfos los cuales se conectan con el océano costero. La compleja morfología de esta zona es el resultado combinado de la acción erosiva glaciar y el hundimiento de valles longitudinales. A lo largo y ancho de tan vasto sistema se dan gran variedad de características y particularidades locales de diversa índole. Sin embargo, desde el punto de vista oceanográfico la Patagonia, en general, es un sistema dominado (en mayor o menor grado) por la conocida como circulación estuarina y la presencia de masas de agua de origen fluvial/glaciar de baja salinidad.
La [circulación estuarina](http://chonos.ifop.cl/wiki/glosario/circulacion-estuarina/) es aquella que se da en estuarios (y fiordos), donde las aguas dulces de baja densidad procedentes de ríos (o glaciares) se sitúan por encima de las aguas oceánicas más saladas y pesadas, y debido al gradiente gravitacional o presión (acumulación de agua) en la cabeza del estuario o fiordo (donde desemboca el río) las aguas dulces de baja densidad fluyen hacia la boca del estuario, mientras que las aguas oceánicas fluyen en sentido contrario hacia la cabeza para compensar el flujo superior. De esta manera se genera un flujo bidireccional de dos capas de sentido opuesto donde la mezcla turbulenta promueve el intercambio de aguas entre ambas capas.
La circulación estuarina puede ser afectada por otros forzantes, como por ejemplo la influencia mareal, el estrés de viento, la batimetría, variación de campo de presión atmosférica entre otros. Además estos forzantes pueden afectar en distintos grados la dinámica de estos ambientes como la dirección y velocidad de la corriente, flujos de intercambio con el océano costero, la estratificación y la mezcla, formación de [gradientes](http://chonos.ifop.cl/wiki/glosario/picnoclina/) horizontales (frentes) y verticales (estratificación), tiempo de residencia, transporte y concentración de oxígeno y nutrientes, todo lo cual puede tener implicancias en [procesos biogeoquímicos](https://www.youtube.com/watch?v=Vp4dh67p4BY) y biológicos del ecosistema.
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La Patagonia presenta patrones regionales característicos, como; la circulación estuarina, la variabilidad del viento influenciada por los vientos del oeste y el Anticiclón Subtropical del Pacífico Sudeste (ASPS). Estos forzantes atmosféricos presentan características particulares. Los vientos del oeste son más fuertes que en el hemisferio norte y el ASPS presenta una migración hacia el sur en el verano austral, lo que explica el régimen estacional de los vientos. Otra característica regional relevante es la alta variabilidad explicada por la marea de alta frecuencia en la corriente, al igual que la amplitud de los principales componentes mareales (M2, N2, K2 y S2) y la importancia de las mareas quincenales (sicigia y cuadratura). También es relevante considerar la variabilidad local, la que está dada por; la orientación geográfica de la costa, la distancia al punto de descarga de agua dulce, la batimetría, presencia o ausencia de un sill en la boca del fiordo, la latitud, la presencia o ausencia de un glaciar, el régimen de descarga de agua dulce y la variabilidad del viento, entre otros. Estos factores tienen implicancias en la circulación.
En este contexto, de variabilidad local, recientes investigaciones han mostrado el rol del viento en la circulación, como por ejemplo, en el canal Moraleda (44.5°S); el viento y circulación gravitacional son protagonistas, con una variabilidad estacional. Durante primavera y verano la circulación es gravitacional, inducida por la baja densidad superficial, reforzada por el viento sur, favoreciendo la estratificación de la columna de agua. En otoño e invierno la circulación gravitacional es modificada por el viento norte, que disminuye e incluso invierte el flujo de intercambio creando una estructura de flujo vertical de tres capas en el lado este del canal y una estructura de dos capas en el lado occidental. El aumento del shear vertical de la corriente debido a la influencia del viento aumenta la mezcla en la columna de agua, lo que debilita la picnoclina. Esta estacionalidad se explica por la orientación norte-sur del canal Moraleda y el escenario montañoso que canaliza al viento en esa dirección.
Otro caso de variabilidad local, es Seno Skyring (52.6°S) en la región de Magallanes, este lugar presenta una limitada conexión con el océano costero por la presencia de constricciones que alcanzan entre 2 a 10 m de profundidad en los dos bordes de conexión (canal Gajardo y canal Fitzroy), la señal de marea es disipada en estos puntos y la edad del agua es de aproximadamente de 5500 dias (definida como el tiempo requerido para que una parcela viaje desde un límite o borde del sistema a un lugar determinado dentro del cuerpo de agua) la circulación es dominada por el viento.
En términos prácticos la circulación en el mar interior de la Patagonia debemos comprenderla como una cinta transportadora que se conecta con el océano costero y es impulsada principalmente por la descarga de agua dulce, en algunos casos reforzada por el viento o por mareas quincenales, en otros casos, revertida o disminuida por efecto del viento, la batimetría o la disminución de descarga de ríos entre otros. Es fundamental conocer y comprender la dinámica física que gobierna la oceanografía dentro del mar interior de la Patagonia y las particularidades locales dentro de esta, para luego cruzar esta información con las componentes quimicas, biologicas, biogeoquímicas y ecológicas en un sistema frágil y complejo como lo es la Patagonia chilena.